Sekwencjonowanie 0
Sekwencjonowanie

 

  1. C to jest sekwencjonowanie?

Sekwencjonowanie to określenie kolejności cząsteczek chemicznych (par nukleotydów) w cząsteczce kwasu nukleinowego. Pozwala zrozumieć genom pojedynczego organizmu. Ze względu na rosnące zapotrzebowanie na badania genomu technologie sekwencjonowania ewoluowały w celu wykrycia wszelkich zmian w materiale genetycznym.

 

  1. Sekwencjonowanie metodą Sangera

Sekwencjonowanie metodą Sangera jest złotym standardem i jako rutynowa metoda wykorzystywana w diagnostyce pomimo swoich zalet, takich jak wysoka czułość reakcji, posiada wiele
ograniczeń. Jako pierwsza opracowana metoda wyróżniała się prostotą wykonania, łatwością automatyzacji i wykorzystaniem znakowania fluorescencyjnego. Metoda ta była powszechnie stosowana przy badaniach nad genomami ludzkimi ponieważ cechuje się wysoką wiarygodnością odczytywanych sekwencji DNA.

 

Ryc. 1 Przykładowy elektoforegram.

 

Największym ograniczeniem metody jest jednak brak możliwości multipleksowania próbek, co powoduje znaczne wydłużenie czasu i wzrost kosztów analizy.

 

  1. Sekwencjonowanie II generacji

Kolejnym krokiem w rozwoju technologii sekwencjonowania było opracowanie przez firmę Ilumina sekwenatora Solexa. Metodyka składała się z kilku etapów, zaczynając od: przygotowania biblioteki genomowej, formowania klastrów w komorze przepływowej, sekwencjonowania i dalszej analizy (porównania do sekwencji referencyjnej). Nowa technologia pozwoliła na znaczne ograniczenie wad, wynikających z metody rutynowej – nastąpiło skrócenie czasu analiz, przy jednoczesnym wzroście liczby analizowanych prób. Jednak ze względu na wysokie koszty całej analizy, kontynuowano badania w celu ich  zoptymalizowania.

 

  1. Sekwencjonowanie Następnej Generacji (NGS)

Jedną z najnowszych technik sekwencjonowania III generacji jest sekwencjonowanie nanoporowe. Wykorzystuje ona elektroforetyczny transport kwasów nukleinowych przez kanały białkowe – nanopory. Identyfikacja sekwencji działa na zasadzie zmian sygnału elektrycznego. Technika pozwoliła na spektakularne osiągnięcia w dziedzinie badań nad genomem tj. asemblacja genomów, wykrywanie modyfikacji kwasów nukleinowych i ich zmienności strukturalnej i alternatywnego składania transkryptów.

W porównaniu z pozostałymi metodami sekwencjonowanie naporowe wyróżnia się możliwością identyfikacji kwasów nukleinowych w natywnej formie. Znacząco upraszcza i przyspiesza to przygotowanie biblioteki sekwencyjnej. Reakcja nie wymaga również przeprowadzenia procesu amplifikacji. Eliminuje to ryzyko błędów takich jak wystąpienie zmian

 sekwencji w badaniach ekspresji genów. Dodatkowym atutem sekwencjonowania nanoporowego jest brak ograniczeń co do długości odczytów. Długość sekwencji jest determinowana długością nici DNA. Krótki czas trwania analizy, niewielkie wymagania sprzętowe, sekwencjonowanie RNA , detekcja zmodyfikowanych nukleotydów oraz możliwość przeprowadzania analizy wielu próbek jednoczasowo to tylko niektóre z zalet nowoczesnej technologii.

Ryc. 2

 

 

 

  1. Zastosowanie

  Tab. 1

 

 

 

Źródła:

Ryc 1. https://sekwencjonowanie.com/pl/pomoc

Ryc. 2 Opracowanie własne

Tab.1 Opracowanie własne

Komentarze do wpisu (0)

do góry
Sklep jest w trybie podglądu
Pokaż pełną wersję strony
Sklep internetowy Shoper.pl